Prodi MPI merupakan program pascasarjana Strata 2 yang secara struktural berada di bawah pengelolaan Fakultas Agama Islam (FAI) UMSIDA. Sebelumnya, Prodi MPI merupakan salah satu prodi dari Program Pascasarjana yang terpisah dari fakultas. Terhitung sejak 21 November 2017, berdasarkan SK Rektor Nomor: E.6/161/01.00/KEP/XI/2017 tentang Penggabungan Program Studi Magister Manajemen dan Magister Manajemen Pendidikan Islam Program Pascasarjana ke Fakultas, maka Prodi MPI kemudian bergabung ke Fakultas Agama Islam. Adapun tata kelola administrasi akademik Prodi MPI dijalankan oleh seorang Kepala Program Studi (Kaprodi) yang bertanggung jawab secara langsung kepada Dekan FAI. Pelayananan di Prodi MPI juga dibantu oleh beberapa tenaga kependidikan dan laboran. Adapun struktur organisasi sebagai satu kesatuan dalam struktur keluarga Fakultas Agama Islam adalah sebagai berikut:
| Dr. Istikomah., M.Ag | ||||||
| Dekan Fakultas Agama Islam | ||||||
| Dr. Imam Fauji, Lc. M. Pd | ||||||
| Wakil Dekan Fakultas Agama Islam | ||||||
| Dr. Anita Puji Astutik, S. Ag., M.Pd.I | Khizanatul Hikmah., M.Pd.I | Fitri Nur Latifah, SE., M.E., Sy | Moch Bahak Udin By Arifin, S. Pd.I., M.Pd.I | Dr. Eni Fariatul Fahyuni, S. Psi., M.Pd.I | ||
| Ka.Prodi PAI | Ka.Prodi PBA | Ka.Prodi PBS | Ka.Prodi PGMI | Ka.Prodi MMPI | ||
| Rifa’atus Shoolihah Zamzami, S.Pd., M. Pd | Farikh Marzuqi Ammar, Lc., MA | Amelia Anindya Anggraeni A., S. Kom | ||||
| Laboran FAI | Staff Kemahasiswaan FAI | Staff Keuangan FAI | ||||
| Fauzan Efendi, S. Pd.I | Rokib, S. Ag., M.Pd.I | Khuzanah, S.Pd | Jijah Advianah Windiyanti, S.Pd | |||
| Staff Admin 1 | Staff Admin 2 | Staff Admin 3 | Staff Admin 4 | |||