Semua perencanaan di Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (Prodi MPI) dilakukan dengan merumuskan rencana strategis (renstra) yang merupakan penjabaran visi, misi, dan tujuan serta sasaran secara terukur dan realistik sehingga tahapan pencapaiannya dapat selalu dimonitor dan dievaluasi. Dokumen Renstra Prodi MPI disusun dengan tetap mendasarkan pada Renstra Universitas Muhammadiyah Sidoarjo (UMSIDA) dan Renstra Fakultas Agama Islam (FAI) dimana Prodi MPI berada dalam struktur di bawahnya. Berdasarkan Renstra tersebut, maka dibuatlah program kerja (proker) atau rencana operasional (renop) serta anggaran program studi dengan menggunakan mekanisme rapat kerja.