Monitoring dan evaluasi, serta rekam jejak kinerja dosen dan tenaga kependidikan dilaksanakan secara periodik oleh program studi dan fakultas dengan merujuk kepada sistem monitoring dan kinerja akademik dosen dan tenaga kependidikan sebagaimana tertuang dalam SK Rektor Nomor: E6/165/00.01/XII/2012 dan diinformasikan dalam SOP/EKD/BPM/04 tentang Evaluasi Kinerja Dosen dan SOP/BAU/01 tentang Pelayanan BAU.
Pedoman tertulis tentang sistem monitoring dan evaluasi, serta rekam jejak kinerja dosen dan konsistensi pelaksanaannya yang digunakan pada Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam mengacu pada manual prosedur yang telah ditentukan oleh Program Pascasarjana dan Biro/UPT terkait di tingkat Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Hasil monitoring dan evaluasi, baik yang dilaksanakan oleh Badan Penjaminan Mutu maupun Program Studi Magister Pendidikan Islam, disampaikan kepada dosen melalui; (a) rapat pertemuan dosen persiapan perkuliahan semester; (2) pemberitahuan secara tertulis kepada dosen yang bersangkutan. Monitoring dan evaluasi terhadap kinerja tenaga kependidikan di program studi magister manajemen pendidikan Islam mengacu pada peraturan kerja di lingkungan Universitas Muhammadiyah Sidoarjo meliputi ketentuan-ketentuan kewajiban tata tertib dan hak bagi karyawan Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Evaluasi kinerja tenaga kependidikan dilaksanakan tiap akhir bulan karena berdampak pada tunjangan kehadiran dan tunjangan kinerja karyawan. Sementara itu hasil evaluasi kinerja bulanan tersebut juga menjadi bahan pertimbangan dalam penempatan jabatan dan peningkatan karir tenaga akademik. Hasil evaluasi kinerja diukur melalui ketercapaian kinerja, dalam rencana kinerja dan analisa jabatan tenaga akademik.